Reduce dal sanguinoso 'zero' della vigilia nella Sprint Race, Francesco Bagnaia vince il Gran Premio della Malesia restando aggrappato con le unghie e con i denti alle ultime speranze di rimonta Mondiale. Pecco fa ciò che gli serviva, ma il rivale Jorge Martin limita sensibilmente i danni tagliando il traguardo da secondo e mantenendo 24 punti di vantaggio in classifica, quando ormai mancano solo un'altra Sprint e un altro Gp alla fine della stagione (quasi sicuramente si correrà il 17 novembre a Barcellona dopo che Valencia ha dovuto annullare il suo Gp per l'alluvione).
Terzo posto che va ad Enea Bastianini dopo la caduta di Marc Marquez. In partenza si scatena immediatamente il solito duello tra Bagnaia e Martin, con l'italiano che risponde di forza al primo tentativo d'attacco del rivale spagnolo mantenendo la testa della corsa, ma dietro un contatto tra Alex Marquez e Binder scatena una paurosa carambola che coinvolge lo stesso sudafricano, Quartararo e Miller.
L'ex ducatista è quello che ha la peggio e resta pericolosamente a terra per qualche minuto, ma dopo la bandiera rossa e i soccorsi in pista si rimette sulle sue gambe facendo tirare un sospiro di sollievo a tutti. La seconda partenza dalla griglia sorride nuovamente a Pecco, pero' 'Martinator' dimostra di non aver paura ingaggiando un duello al cardiopalma tra staccate, sorpassi e contro sorpassi che va avanti per qualche giro prima che Bagnaia prenda il largo e mantenga il vantaggio fino alla fine senza possibilità di replica.